Kam im Sommer 1988 von der Vienna zur Wiener Austria. Für Peter Stöger wurden im Gegenzug Gerald Glatzmayer, Alfred Drabits und Ernst Mader an die Vienna abgegeben. Stöger wurde als Prohaska Nachfolger zur Austria geholt.
Im Sommer 1994 wechselte er, nachdem man sich über keinen neuen Vertrag bei der Austria einig wurde, zum FC Tirol. Danach spielte er auch für Rapid Wien und erreichte u.a. das Europacupfinale 1996 mit den Hütteldorfern. Von Rapid wechselte er dann zum LASK. Am 11. Jänner 1999 konnte Sportdirektor Friedl Koncilia mit dem LASK Einigung über einen Transfer von Peter Stöger zur Austria erzielen. Der Vertrag hatte eine Laufzeit bis 30.06.2001.
Erfolge:
WM Teilnehmer 1998
4 x Österreichischer Meister (Austria Wien 1990/91, 1991/92, 1992/93; Rapid Wien 1995/96)
3 x Österreichischer Cupsieger (Austria Wien 1989/90, 1991/92, 1993/94)
3 x Österreichischer Supercupsieger (Austria Wien 1990, 1991, 1992)
Europacupfinale 1996 (Rapid - Paris SG)
Vereine:
FavAC (1975 - 1986), Vorwärts Steyr (1986 - 1987), Vienna (1987 - 1988), Austria Wien (1988 - 1994), FC Tirol (1994 - 1995), Rapid Wien (1995 - 1997), LASK (1997 - 1998), Austria Wien (1999 - 2000), Admira/Mödling (2000 - 2002), SC Untersiebenbrunn (2002 - 2004), Austria Amateure (2004)
Legende:
E ... Einsätze
EW ... Einwechslungen
T+ ... Geschossene Tore
T- ... Tore erhalten (nur für Tormänner)
S ... Siege
U ... Unentschieden
N ... Niederlagen
G ... Gelbe Karten
GR ... Gelb-rote Karten
R ... Rote Karten
M ... Spielminuten
M/T+ ... Minuten pro geschossenes Tor
M/T- ... Minuten pro erhaltenes Tor (nur für Tormänner)