Ortlechner begann seine Karriere bei seinem Heimatklub TSV Ort in Oberösterreich. 1996 wechselte er in den Nachwuchs der SV Ried. Ortlechner schaffte 2000 bei der SV Ried den Durchbruch in die Bundesliga, auch nach dem Abstieg 2003 blieb Manuel Ortlechner den Innviertlern vorerst treu. 2004 wechselte er zurück in die Bundesliga zum SV Pasching. Nach dem Lizenzverkauf der Paschinger an Austria Kärnten, spielt Ortlechner in Klagenfurt.
Am 3. Mai 2009 wurde bekannt, dass Ortlechern bei der Wiener Austria einen Zweijahresvertrag mit einjähriger Option unterschrieben hat. Am 4. Mai 2011 zog die Austria die Option auf Vertragsverlängerung bis Sommer 2012. Im Jänner 2012 wurde Manuel Ortlechner von der Mannschaft zum Kapitän gewählt. Am 10. Februar 2012 wurde dann auch bekannt, dass er seinen Vertrag bei der Austria bis 2014 + 1 Jahr Option verlängert.
Erfolge:
Österreichischer Meister (Austria Wien 2012/13)
Vereine:
TSV Ort im Innkreis (8/1987 - 7/1996), SV Ried (7/1996 - 7/2004), SV Pasching (7/2004 - 7/2007), Austria Kärnten (7/2007 - 6/2009), Austria Wien (ab Sommer 2009, Vertrag bis Sommer 2014 + 1 Jahr Option)
Legende:
E ... Einsätze
EW ... Einwechslungen
T+ ... Geschossene Tore
T- ... Tore erhalten (nur für Tormänner)
S ... Siege
U ... Unentschieden
N ... Niederlagen
G ... Gelbe Karten
GR ... Gelb-rote Karten
R ... Rote Karten
M ... Spielminuten
M/T+ ... Minuten pro geschossenes Tor
M/T- ... Minuten pro erhaltenes Tor (nur für Tormänner)