Schon im Sommer 2008 weigerte er sich seinen Vertrag beim LASK vorzeitig zu verlängern. Im Winter Transfer wollte er zu Frosinone in die italienische Serie B wechseln, jedoch bekam er vom LASK keine Freigabe.
Florian Klein gab am 29. April 2009 seinen Wechsel zur Austria bekannt. Klein kam ablösefrei vom LASK zur Austria und erhielt zunächst einen Vertrag für zwei Jahre + Option auf ein weiteres Jahr. Am 4. Mai 2011 zog die Austria die Option auf Vertragsverlängerung bis Sommer 2012.
Florian Klein wurde sich mit der Austria bzgl. eines neuen Vertrags nicht einig. Am 21. Mai 2012 gab Klein via "twitter" bekannt, dass er die Austria verlassen wird. Zwei Tage später gab Red Bull Salzburg die Verpflichtung von Florian Klein offiziell bekannt.
Vereine:
FC Linz (9/1994 - 2/1998), LASK Linz (2/1998 - 6/2009), Austria Wien (Sommer 2009 - Sommer 2012), Red Bull Salzburg (Sommer 2012 - Sommer 2014), VfB Stuttgart (ab Sommer 2014, Vertrag bis 2017)
Legende:
E ... Einsätze
EW ... Einwechslungen
T+ ... Geschossene Tore
T- ... Tore erhalten (nur für Tormänner)
S ... Siege
U ... Unentschieden
N ... Niederlagen
G ... Gelbe Karten
GR ... Gelb-rote Karten
R ... Rote Karten
M ... Spielminuten
M/T+ ... Minuten pro geschossenes Tor
M/T- ... Minuten pro erhaltenes Tor (nur für Tormänner)