Seinen ersten Profivertrag erhielt Roman Wallner mit 15 Jahren bei den Amateuren von Sturm Graz. Im Dezember 1998 Debütierte er für die Kampfmannschaft von Sturm in der Champions League gegen Inter Mailand.
Wallner wechselte 1999 von Sturm Graz zu Rapid Wien wo er auch zum Teamspieler reifte. Der sechsjährigen Profivertrag bei Sturm Graz (5000 Schilling brutto/Monat, einseitig lösbar) wurde von einem Gericht als unwirksam erklärt. So konnte Roman Wallner zu Rapid wechseln.
Im Sommer 2004 wurde Roman Wallner von Hannover 96 in die deutsche Bundesliga geholt (Vertrag bis 2007). Konnte sich dort aber nicht durchsetzten und wurde nach einem Jahr an die Admira verliehen. In der Südstadt wurde er jedoch auch nicht glücklich und wurde sogar von Trainer Robert Pflug zu dem Amateuren verbannt.
Im Jänner 2006 dann der Knalleffekt mit dem Wechsel zur Wiener Austria. Wallner erhielt zunächst einen leistungsbezogenen Vertrag bis zum Sommer 2006. Danach hatte die Austria eine Option auf Vertragsverlängerung bis 2008 sowie eine Kaufoption mit Hannover. Die Option wurde im Mai 2006 jedoch nicht gezogen, denn "teure Alt-Verträge" sollten der Vergangenheit angehören. Trotzdem wurde im Juni 2006 der Vertrag zu neuen Konditionen um ein weiteres Jahr verlängert (bis Sommer 2007). Nach der Saison 2006/07 musste Wallner aber Abschied nehmen von der Austria. Es wurde ihm kein neuer Vertrag angeboten.
Nach langer Vereinssuche gab er am 4. August 2007 seinen Wechsel nach Schottland zu FC Falkirk bekannt. Auch dort wurde er nicht glücklich und kam kaum zu Einsätzen. Wallner wurde sogar für ein Monat in die 2. schottische Liga verliehen. Im Jänner 2008 wurde er aus seinem Vertrag (bis Sommer 2008) entlassen und durfte ablösefrei nach Griechenland zu Apollon Kalamarias wechseln. Dort erreichte er traurige Berühmtheit, als er mit seinem einzigen Spiel für Kalamarias die Meisterschaft "entschied". Wallner war schon für den dritten Verein in der Saison im Einsatz, das war laut FIFA-Regulativ nicht erlaubt. Das Spiel gegen Olympiakos wurde strafverifiziert, da Wallner unberechtigt eingesetzt wurde. Diese Punkte verhalfen dem Verein aus Athen zum Titel.
Erfolge:
3 x Österreichischer Meister (Austria Wien 2005/06, Red Bull Salzburg 2009/10, 2011/12)
3 x Österreichischer Cupsieger (Austria Wien 2005/06, 2006/07, Red Bull Salzburg 2011/12)
Vereine:
Sturm Graz, Rapid Wien (1999-2004), Hannover 96 (2004/2005), Admira Wacker (2005), Austria Wien (28. Jänner 2006 - Sommer 2007), FC Falkirk (August - 23. November 2007), Hamilton Academical F.C. (verliehen vom FC Falkirk bis 31. Dezember 2007), Apollon Kalamarias (Jänner 2008 - August 2008), Xanthi (Herbst 2008), LASK (Jänner 2009 - 23. Jänner 2010, ursp. Vertrag bis 2011), Red Bull Salzburg (23. Jänner 2010 - 30. Jänner 2012, urspr. Vertrag bis Sommer 2012), Red Bull Leipzig (Jänner - August 2012), FC Wacker Innsbruck (30. August 2012 - Sommer 2014), SV Grödig (ab Sommer 2014, Vertrag bis Sommer 2016)
Legende:
E ... Einsätze
EW ... Einwechslungen
T+ ... Geschossene Tore
T- ... Tore erhalten (nur für Tormänner)
S ... Siege
U ... Unentschieden
N ... Niederlagen
G ... Gelbe Karten
GR ... Gelb-rote Karten
R ... Rote Karten
M ... Spielminuten
M/T+ ... Minuten pro geschossenes Tor
M/T- ... Minuten pro erhaltenes Tor (nur für Tormänner)