Ernst Baumeister wurde Trainer der Austria Amateure (damals Prater Austria Memphis Amateure) nach dem Aufstieg aus der Wiener Liga im Sommer 1998. Baumeister wurde dann "Interimistischer Nachfolger" von Herbert Prohaska im Mai 2000 als Trainer der Kampfmannschaft. Er schaffte, was einer Legion von Trainern zuvor versagt blieb: Einen Sieg gegen Rapid nach über vier Jahren, oder 17 Derbys.
Vereine als Trainer:
SV Traun (Spielertrainer) (1993-1996), FC Linz BNZ (1996-1998), Austria Amateure (1998-2001), Austria Wien (Interimscoach) (Mai 2000), Austria Wien (Co-Trainer) (2001), SV Pasching (Interimscoach) (August 2002), FC Gratkorn (2002), U19 Nationalmannschaft (Co-Trainer) (2003), SC Frauenkirchen (2004), SC Untersiebenbrunn (3/2004 - 10/2004), Admira Wacker Amateure (ab Sommer 2005 - Feb.2006), Admira Wacker (ab Feb. 2006)